一般に化学の学術雑誌への投稿には，化学者専用の化学構造描画ツールとして商用の ChemDraw，または条件付きで無償で利用できる
などのソフトを利用することが化学者の間では常識であります．
欧米および日本において一流の化学の学術雑誌では TeX での原稿を受け付けていない場合が多いという現状を見ますと，数学・物理での状況とは大きく異なっているようです．
実際の化学雑誌の場合ではごく限られた物となりますが，TeX による原稿でも受理可能な雑誌等への投稿の折には以下が参考になるでしょう．
化合物名を表す場合は数式と異なり，元素名をイタリックでなく立体で示す規則があり，かつ上付き・下付き文字や矢印を使う必要があります． 化学式や反応式の中に構造式を含まない場合には，以下のパッケージで十分です．
化学構造式を TeX の文書中に挿入する方法としては，以下のような選択肢が考えられます． どの方法も一長一短あるので，工夫が必要でしょう．