TeX や BibTeX ソースにおけるアクセント付きローマン文字の表記方法は,US-ASCII 文字を用いた転写表記 (transcription) が現行の標準方法です。

-表記テーブルは『[[[改訂第4版] LaTeX2e 美文書作成入門:http://oku.edu.mie-u.ac.jp/~okumura/bibun4/]]』等の書籍に掲載されています。

-ただし各種の文字に対しては,正常にタイプセットするためにパッケージを用いる(下記の例のようなベトナム文字の “\~{\^e}” 等への対処)などの各種の方法が必要になることがあります。
-- 詳しくは「[[pTeXと多言語処理]]」をご参照ください。
-- ただし BibTeX ソースの場合には,“\~{\^e}” のような “\” で始まる転写文字をさらに “{”, “}” で括る必要があります(例えば,“{\~{\^e}}” として下さい)。

-ちなみに日本語文字については ISO-2022-JP (= JIS), EUC-JP, or Shift_JIS コードの使用が標準です(現行の普通の pTeX, pLaTeX を用いている場合です)。

-なお,将来は全て UTF-8 コードを用いて TeX ソースを書き,タイプセットできることが普及することになるのかもしれません。
-- 全て UTF-8 コードで書かれたソースを上記のような現行の標準表記方法へ変換したい場合には「[[UTF-8 による TeX 文書の作成 — Utf82TeX:http://www.ceres.dti.ne.jp/~i-yasuda/tex/utf82tex.html]]」をご参照ください。
-- UTF-8 コードの文字から転写表記を調べたい際にも,上記による utf82tex (Perl スクリプト)を用いることができます。
-- 角藤さんの&ref(http://www.fsci.fuk.kindai.ac.jp/aftp/pub/ptex/utils/utf8toutf.zip,utf8toutf); (これは C プログラム)も同様の目的のために用いることができますが,上記ほどパーフェクトではないようです(ただし EUC-JP or Shift_JIS コードへの変換機能も内蔵されていますので,使いやすいと思う方も多いと思います)。

--「Unicode への移行: [[qa:46042]]」という丁寧で重要な投書がありました。

-ソース例:
--(1)
 %%% -*- mode: yatex; Coding: iso-2022-jp; Encoding: ISO-2022-JP -*-
 \documentclass{jsarticle}
 \usepackage[T1]{fontenc} % 必要
 \usepackage{lmodern}     % 必要
 \begin{document}
 ベトナム人の苗字にはNguy\~{\^e}n(阮)とTr\`{\^a}n(陳)とがとても多い。
 この苗字は,ベトナム(Vi\d{\^e}t Nam,越南)のかつての王朝であった
 阮朝(nh\`a Nguy\~{\^e}n, 1802--1945)と陳朝(nh\`a Tr\`{\^a}n, 1225--1400)の
 それぞれの皇帝の苗字から取られているらしい。
 日本でも有名なホー・チ・ミン(H\`{\^o} Ch\'i Minh,胡志明,1890--1969)の
 幼名もNguy\~{\^e}n Sinh Cung(阮愛國)である。
 \end{document}
--(2)
 %%% -*- mode: yatex; Coding: iso-8859-1; Encoding: ISO-8859-1 -*-
 \documentclass{article}
 %\usepackage[T1]{fontenc}
 %\usepackage{lmodern}
 \begin{document}
 \noindent
 \c{c} \\ % ç
 \"a      % ä
 \end{document}