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:XyMTeX|
作者 藤田眞作さんのページ~
http://imt.chem.kit.ac.jp/fujita/fujitas3/xymtex/index.html
::LaTeX で化学構造式 --- XyMTeX の紹介|
http://www.klavis.info/xym.html
::PukiWiki xymtex プラグイン|
http://tec-tech.org/index.php?PukiWiki%2FPlugin%2Fxymtex.inc.php
*XyMTeX [#j669bd8c]
XyMTeX は[[藤田眞作さん:http://xymtex.com/fujitas/]]@[[湘南情報数理化学研究所:http://xymtex.com/]]による化学構造式を描画するマクロ集です.
-[[XyMTeX 化学構造式描画:http://xymtex.com/fujitas3/xymtex/]]
-https://ctan.org/pkg/xymtex
TeX Live に含まれています.
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#contents
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**使い方 [#i0738a94]
簡単な参照ページとして,以下を挙げておきます:
-[[LaTeX で化学構造式 — XyMTeX の紹介(Internet Archive のウェブアーカイブ):http://web.archive.org/web/20090224162250/http://www.klavis.info/xym.html]]
-[[PukiWiki XyMTeX プラグイン(Internet Archive のウェブアーカイブ):http://web.archive.org/web/20060113004208/http://tec-tech.org/?PukiWiki/Plugin/xymtex.inc.php]]
XyMTeX は改良に改良を重ね,(試していませんが)[[マイトトキシン (maitotoxin)>Wikipedia.ja:マイトトキシン]] のような複雑な化合物でも TeX やパッケージの仕様などの制限さえなければ理論的に描画可能なレベルまでになりました。
#ref(http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/f/f1/Maitotoxin.png/654px-Maitotoxin.png,center,nolink,マイトトキシンの構造式)
現時点で描画の難しい構造として,
-いす型構造式において環の融合や ATOMLIST 指定が不可であること
-任意の平面構造より立体的に突出した構造(楔形のことではない。これは Version 4.01 で実装済み)を描く際に picture 環境などによるレイアウト指定が必要になること
を挙げます。
例えばフグ毒である次の[[テトロドトキシン (tetrodotoxin)>Wikipedia.ja:テトロドトキシン]] を XyMTeX で描画する際には,おそらく一から picture 環境などで描画する必要があります(いす型構造式において ATOMLIST として N を指定しなければならないので chair 命令が使えない)。
#ref(http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/5/5a/Tetrodotoxin-2D-skeletal.png/275px-Tetrodotoxin-2D-skeletal.png,center,nolink,テトロドトキシンの構造式)
これらを描画する際には相変わらず ChemDraw,Marvin Sketch などの WYSIWYG ソフトが必要になるかもしれません。
これについては [[TeX と化学]] を参照してください。
**関連リンク [#d1c64818]
-[[LaTeX - XyMTeX 美構造式作成入門:http://qiita.com/TeX-seminar/items/c11f8b364d6391737b20]]
-[[MacTeX で XyMTeX:http://www.clas.kitasato-u.ac.jp/~fujiwara/MacTeX/xymtex.html]]
-[[XyMTeX の機能を最大限引き出す「正しい利用法」:http://acetaminophen.hatenablog.com/entry/2015/06/06/193411]]