PDFコマンドは Skim の displayline を使用します. PDFコマンドのリストから /Applications/Skim.app/Contents/SharedSupport/displayline $$n $$o $$t を選択します.
順検索
DVIコマンド:
PDFコマンド: /Applications/Skim.app/Contents/SharedSupport/displayline $$n $$o $$t
[文書(D)] > [設定(S)...] > [出力] の出力と同期(Y)をチェックして調整用マクロ(U):から \synctex=1 を選択します.
変換子のコマンドオプションに直接 -synctex=1 を追加しても OK です.
順検索 (forward search) を参照してください.