tlmgr は TeX Live のパッケージ管理ツールで，コマンドラインで使用します． GUI 版としては TeX Live Shell (GUI 版 TeX Live Manager) や macOS の TeX Live Utility もあります．
公式ドキュメントに解説があります．
$ tlmgr --help
でもマニュアルが表示されます．
コマンドラインから以下のコマンドを実行します．
tlmgr update --self --all
sudo tlmgr update --self --all
たとえば geometry パッケージについて調べる場合は，以下のコマンドを実行します．
$ tlmgr info geometry package: geometry category: Package shortdesc: Flexible and complete interface to document dimensions. longdesc: The package provides an easy and flexible user interface (以下略) installed: Yes revision: 47638 sizes: src: 157k, doc: 465k, run: 45k relocatable: No cat-version: 5.8 cat-date: 2018-05-07 13:41:20 +0200 cat-license: lppl cat-topics: geometry cat-related: vmargin typearea collection: collection-latex
ときどき，tlmgr で更新したパッケージに不具合が混入したり，他のパッケージとの共存で不都合が生じたりすることもあります． 問題のなかった古いバージョンを復元したくなることがあると思います．
たとえば，tlmgr でパッケージを一斉にアップデートしたところ，luatexja の r39527 で不都合が生じたとして，以前にインストールされていたバージョンに復旧したいとします． その場合，以下のコマンドを実行します．
$ tlmgr restore luatexja
バックアップが残っている場合は，ローカルに保存されているリビジョン番号が表示されます．
Available backups for luatexja: 39105 (2016-02-02 15:45)
確認したら，そのリビジョン番号を復元します．
$ sudo tlmgr restore luatexja 39105
一度確認されます．
Do you really want to restore luatexja to revision 39105 (y/N):
y で進むと
Restoring luatexja, 39105 from /usr/local/texlive/2015/tlpkg/backups/luatexja.r39105.tar.xz
などと表示され，過去のパッケージが展開されます．
なお，フォーマット作成時に読まれるファイルを復元した場合（たとえば LaTeX 本体に不具合が生じ，過去のバージョンを復元した場合）は，手動でフォーマットを再作成する必要が生じます．